一般来说，蜂蜜的颜色和味道与蜂蜜的品种密切相关。如椴树蜜为浅琥珀色、清澈半透明；向日葵蜜为琥珀色；杂花蜜的颜色不固定，一般为黄红色；野桂花蜜、刺槐蜜、荔枝蜜、紫云英蜜等为水白色，颜色较浅；荞麦蜜、桉树蜜等为琥珀色，颜色较深。此外，蜂蜜颜色与养蜂过程中使用的蜂巢也有一定的关系，对于同一品种的蜂蜜，从旧蜂巢中产出的蜜，颜色会稍微深一些。
此外，蜂蜜的存储时间和温度也会影响其质量和颜色，通常而言，高温环境中存储的蜂蜜颜色更容易变暗，而含水量较高的不同种类蜂蜜，在较低温度下或放置时间过长，还容易出现结晶。值得提醒的是，蜂蜜结晶并不能说明质量不好。
颜色虽不能证明蜂蜜的营养价值，却是辨别真假的法宝。真蜂蜜中因含有花粉等成分，看起来不是很清亮，呈白色、淡黄色或琥珀色，以浅淡色为佳。假蜂蜜由于是用白糖熬成或用糖浆冒充，故色泽鲜艳，一般呈浅黄或深黄色，大家购买时一定要谨慎。